VPA kiến nghị tháo gỡ vướng mắc về thuế, hải quan

Nhiều bất cập trong chính sách thuế và thủ tục hải quan đang tạo thêm áp lực chi phí, dòng tiền và rủi ro pháp lý cho doanh nghiệp chăn nuôi. Trước thực tế này, Hiệp hội Gia cầm Việt Nam (VPA) đã tổng hợp các khó khăn, đồng thời kiến nghị cơ quan quản lý sớm rà soát, điều chỉnh chính sách nhằm tháo gỡ vướng mắc, nâng cao năng lực cạnh tranh cho ngành chăn nuôi trong nước.

Ngày 06/11/2026, Hiệp hội Gia cầm Việt Nam (VPA) đã có văn bản gửi Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI), tổng hợp và kiến nghị tháo gỡ một số vướng mắc trong lĩnh vực thuế và thủ tục hải quan liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp chăn nuôi.

Theo Hiệp hội, trong bối cảnh ngành chăn nuôi đang phải đối mặt với nhiều biến động về giá nguyên liệu, tỷ giá, chi phí vận chuyển quốc tế và rủi ro dịch bệnh, những bất cập trong thực thi chính sách thuế, hải quan đang làm gia tăng chi phí sản xuất, gây áp lực lên dòng tiền và ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp.

Nhiều bất cập về thuế làm gia tăng chi phí sản xuất

Một trong những vấn đề đáng chú ý được Hiệp hội phản ánh là chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với thức ăn chăn nuôi thương mại.

Theo quy định hiện hành được nêu trong văn bản kiến nghị, thức ăn chăn nuôi thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Vì vậy, doanh nghiệp sản xuất trong nước không được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đối với các chi phí đầu vào phục vụ sản xuất như điện, nước, bao bì, dịch vụ, máy móc và thiết bị.

Phần thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ phải tính vào chi phí sản xuất, khiến giá thành thức ăn chăn nuôi nội địa tăng thêm khoảng 3-5%. Điều này tạo ra bất lợi đáng kể cho sản phẩm sản xuất trong nước khi cạnh tranh với thức ăn chăn nuôi thành phẩm nhập khẩu.

Bên cạnh đó, ngành chăn nuôi Việt Nam hiện vẫn phụ thuộc lớn vào nguồn nguyên liệu nhập khẩu, với tỷ lệ khoảng 70-80% đối với một số nguyên liệu thô như khô dầu đậu tương, ngô và lúa mì. Việc phải nộp thuế ngay tại thời điểm thông quan khiến doanh nghiệp bị đọng một lượng vốn lớn, hạn chế khả năng chủ động nhập khẩu và tích trữ nguyên liệu khi giá thị trường thuận lợi.

Hiệp hội kiến nghị nghiên cứu khôi phục cơ chế ân hạn 30 ngày đối với thuế ở khâu nhập khẩu nguyên liệu thức ăn chăn nuôi và nguyên liệu thuốc thú y, áp dụng đối với các doanh nghiệp tuân thủ tốt pháp luật, đáp ứng điều kiện doanh nghiệp ưu tiên (AEO).

Một vấn đề khác là việc xác định chi phí hợp lý khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các trường hợp thiệt hại do thiên tai, dịch bệnh. Đặc thù sản xuất chăn nuôi đòi hỏi doanh nghiệp phải xử lý nhanh chóng các tình huống tiêu hủy vật nuôi, giảm đàn để kiểm soát dịch bệnh và bảo đảm an toàn sinh học. Tuy nhiên, yêu cầu về hồ sơ, biên bản xác nhận thiệt hại trong một số trường hợp chưa phù hợp với điều kiện thực tế.

Hiệp hội cho rằng cần có cơ chế linh hoạt hơn trong việc chấp nhận các chứng từ chứng minh thiệt hại, tránh tình trạng doanh nghiệp đã chịu tổn thất lớn do thiên tai, dịch bệnh nhưng tiếp tục gặp khó khăn khi quyết toán thuế.

Ngoài ra, sự thiếu thống nhất trong cách xác định sản phẩm sơ chế thông thường hay đã qua chế biến, cũng như cách hiểu về hoạt động trực tiếp sản xuất nông nghiệp và kinh doanh dịch vụ, thương mại, đang khiến một số doanh nghiệp gặp rủi ro về nghĩa vụ thuế GTGT và ưu đãi thuế TNDN.

Vướng mắc về mã HS và thủ tục hải quan làm tăng rủi ro cho doanh nghiệp

Trong lĩnh vực hải quan, Hiệp hội phản ánh tình trạng chưa thống nhất trong phân loại mã HS đối với một số nguyên liệu, phụ gia thức ăn chăn nuôi như lysine, methionine, vitamin và men vi sinh.

Các mặt hàng này có thể phát sinh tranh chấp trong việc phân loại giữa nhóm chế phẩm dùng trong chăn nuôi và nhóm hóa chất tinh khiết. Việc áp mã HS khác nhau có thể dẫn đến chênh lệch thuế suất, làm tăng chi phí nhập khẩu và phát sinh nguy cơ bị truy thu, xử phạt.

Đáng chú ý, sự thiếu đồng bộ giữa danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu và danh mục kiểm tra chuyên ngành cũng khiến doanh nghiệp mất thêm thời gian giải trình, hoàn thiện hồ sơ, kéo dài thời gian thông quan và phát sinh chi phí lưu kho, lưu bãi.

Hiệp hội cũng đề cập đến tình trạng cơ quan hải quan thay đổi cách xác định mã HS trong quá trình kiểm tra sau thông quan. Có những trường hợp doanh nghiệp đã kê khai dựa trên hồ sơ kỹ thuật, bản chất hàng hóa và được cơ quan hải quan thông quan, nhưng sau đó lại bị yêu cầu điều chỉnh mã HS đối với các lô hàng đã nhập khẩu trước đó.

Điều này khiến doanh nghiệp đối mặt với nguy cơ bị truy thu thuế trong thời hạn 5 năm, đồng thời có thể bị xử phạt vi phạm hành chính, ngay cả khi việc khai báo ban đầu được thực hiện trên cơ sở thiện chí và không có hành vi gian lận.

Trước thực trạng trên, Hiệp hội kiến nghị tăng cường cơ chế xác định trước mã HS và bảo đảm sự thống nhất trong toàn hệ thống hải quan. Đối với những mặt hàng chưa có hướng dẫn hoặc còn nhiều cách hiểu khác nhau, cần sớm ban hành hướng dẫn thống nhất trên phạm vi toàn quốc.

Đặc biệt, trường hợp doanh nghiệp đã khai báo đầy đủ thông tin, hàng hóa đã được kiểm tra và thông quan, nếu sau này cơ quan quản lý thay đổi cách hiểu về phân loại mã HS thì nên xem xét áp dụng đối với các lô hàng phát sinh trong tương lai, hạn chế truy thu và xử phạt hồi tố đối với các tờ khai trước đó. Trường hợp phải điều chỉnh mã HS, cần xem xét miễn xử phạt hành chính nếu doanh nghiệp không có hành vi gian lận, cố ý khai sai hoặc che giấu thông tin hàng hóa.

Cần cải cách thủ tục để giảm chi phí và nâng cao năng lực cạnh tranh

Bên cạnh những bất cập về phân loại hàng hóa, Hiệp hội còn phản ánh khó khăn trong việc xác định trị giá khai báo nhập khẩu. Giá nguyên liệu chăn nuôi chiến lược như ngô, đậu tương biến động liên tục trên thị trường thế giới, trong khi việc tham vấn giá của cơ quan hải quan có thể kéo dài từ 5-10 ngày.

Trong thời gian chờ giải phóng hàng, doanh nghiệp phải nộp tiền bảo lãnh thuế, gây ứ đọng vốn và phát sinh chi phí lưu kho, lưu bãi.

Đối với thủ tục kiểm tra chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O), Hiệp hội cho rằng quy trình kiểm tra tại cửa khẩu còn khá khắt khe. Một số lỗi kỹ thuật nhỏ như lỗi chính tả, sai lệch dấu chấm, dấu phẩy hoặc sai khác biệt nhỏ về hình thức biểu mẫu có thể dẫn đến việc bác bỏ C/O, tước quyền hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo các hiệp định thương mại tự do (FTA), gây thiệt hại kinh tế cho doanh nghiệp.

Ngoài ra, việc áp dụng các quy định xử phạt vi phạm hành chính về hải quan theo Nghị định 169/2026/NĐ-CP cũng được Hiệp hội lưu ý. Theo phản ánh, việc áp dụng chế tài đối với lỗi khai sai mã HS, đặc biệt trong trường hợp có sự khác biệt về cách hiểu và phân loại hàng hóa, có thể làm gia tăng áp lực tài chính cho doanh nghiệp.

Từ những khó khăn nêu trên, Hiệp hội Gia cầm Việt Nam đề nghị các cơ quan quản lý nhà nước rà soát, hoàn thiện chính sách thuế và hải quan theo hướng đồng bộ, minh bạch, thống nhất và phù hợp hơn với thực tiễn sản xuất, kinh doanh.

Việc tháo gỡ những vướng mắc này không chỉ giúp doanh nghiệp giảm chi phí, chủ động nguồn vốn và hạn chế rủi ro pháp lý mà còn góp phần tạo môi trường kinh doanh thuận lợi, bảo đảm sự cạnh tranh bình đẳng giữa sản phẩm trong nước và hàng nhập khẩu.

Hiệp hội Gia cầm Việt Nam kỳ vọng các kiến nghị sẽ được Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam tổng hợp, chuyển tải đến các bộ, ngành liên quan để xem xét, giải quyết. Đây là một trong những giải pháp quan trọng nhằm hỗ trợ doanh nghiệp vượt qua khó khăn, củng cố năng lực sản xuất và thúc đẩy ngành chăn nuôi Việt Nam phát triển ổn định, bền vững.

Nội dung chi tiết kiến nghị xem tại đây.

Ban Truyền thông VPA